نهاد تحقیقاتی که امروز به نام پژوهشگاه مطالعات فرهنگی، اجتماعی و تمدنی می‌شناسیم با هدف پژوهش در زمینه های فرهنگی و اجتماعی آموزش عالی و توسعه و ارتقای علوم انسانی و اجتماعی بر اساس مصوبه شورای گسترش و برنامه‌ریزی آموزش عالی در سال ۱۳۸۲ به نام پژوهشکده با ساختار چهار گروه مطالعات آینده‌نگر، مطالعات اجتماعی، مطالعات زنان و مطالعات فرهنگی موافقت اصولی مصوب و با ابلاغ مصوبه مربوط از سال ۱۳۸۳ وارد مرحله اجرایی شد. پژوهشکده در سال ۱۳۹۹ با موافقت قطعی شورای گسترش و برنامه‌ریزی آموزش عالی به مؤسسه ارتقا یافت و این شورا همچنین موافقت اصولی خود را برای راه‌اندازی دو گروه «مطالعات علم و فناوری» و گروه «مطالعات ارتباطات و فضای مجازی» اعلام کرد.
مؤسسه دارای کمیسیون دائمی و هیات امنای مستقل است و بر اساس طرح دلایل و توافق با قائم مقام وزیر علوم همچنین معاون فرهنگی و اجتماعی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری نام آن به «پژوهشگاه مطالعات فرهنگی، اجتماعی و تمدنی (پمفات)» تغییر یافت.
حجت‌الاسلام و المسلمین رضا غلامی در مورد ارتقای جایگاه این مرکز تحقیقاتی از موسسه به پژوهشگاه توضیح داد: موسسه در گذشته هم قابلیت ارتقا به پژوهشگاه را داشت ولی به اندازه کافی برای این کار پیگیری نشده بود. از وقتی به ریاست موسسه منصوب شدم، متوجه شدم موسسه بر اساس مصوبه هیات امنا صاحب ۹ گروه علمی است که بر اساس ضوابط وزارت علوم، امکان شکل‌گیری ۳ پژوهشکده در موسسه وجود دارد، هر پژوهشکده هم متشکل از ۳ گروه علمی است. وقتی مرکزی ۳ پژوهشکده داشته باشد، قابلیت تبدیل به پژوهشگاه دارد.
وی ادامه داد: متوجه شدیم اگر این قابلیت را پیگیری کرده و رسمیت بدهیم، امکان ارتقای کیفیت موسسه و جذب منابع برای پاسخگویی به نیازها بهتر فراهم می‌شود و همکاران نیز احساس هویت بیشتری می‌کنند.
پژوهشگر و مدرس عرصه فلسفه سیاسی تاکید کرد: افزون بر این، بحثی در گذشته در وزارت علوم وجود داشت که اصلا که تفاوت موسسه با سایر موسسات با ماموریت‌های مشابه چیست، یا بهتر است این موسسات ادغام شوند. اما در طراحی جدید ارتقای موسسه به پژوهشگاه تمایزهای پژوهشگاه با موسسات دیگر مشخص شده است، به نحوی برنامه‌ریزی کرده‌ایم که هیچ تداخلی بین کار پژوهشگاه و دیگر موسسات زیرمجموعه وزارت علوم نباشد و به عنوان پژوهشگاه کلیدی با نقش‌افرینی حیاتی و الگوساز برای حوزه علوم انسانی و اجتماعی در نظام آموزش عالی ایفای نقش کند.
ارتقای کیفیت گروه‌های پژوهشی
وی در مورد برنامه‌های پژوهشگاه نیز تصریح کرد: کیفیت ۹ گروه پژوهشی ارتقا می‌یابد، همچنین تاکنون ۵ میز تخصصی به نام‌های میز مهاجرت، میز هوش مصنوعی، میز علوم شناختی و علوم رفتاری، میز زیست دانشجویی و میز علم‌سنجی را بر اساس اولویت‌شناسی در کنار گروه‌ها ایجاد کرده‌ایم.
این میزهای پژوهشی فراگروهی و بین‌گروهی است، ظرفیت‌های موسسه و ظرفیت‌های بیرونی را برای حل چالش‌های آموزش عالی به کار می‌گیرد و می‌تواند در آینده توانمندی و قابلیت جدیدی را از علوم انسانی در ارتباط با پدیده‌های جدی نمایش دهد.
غلامی تاکید کرد: اندیشکده‌ای هم به عنوان اندیشکده دانشگاه ایرانی در پژوهشگاه راه‌اندازی شده که به نیازهای فوری و مبتلابه دستگاه‌های مختلف از جمله آموزش عالی پاسخ می‌دهد. گاهی نیازی مطرح می‌شود که از جنس نیازهای تئوری نیست و زمان زیادی هم برای پاسخ به آن نیست. اندیشکده‌های واسط بین پژوهشکده و دستگاه سفارش‌دهنده نیاز است تا این ماموریت‌ها انجام شود و اولین اندیشکده دانشگاهی است.
وی تاکید کرد: اندیشکده‌های ایران معمولا دانشگاهی نیستند یعنی متشکل از اعضای هیات علمی نیستند و با روش‌های دانشگاهی کار نمی‌کنند. شاید تنها اندیشکده دانشگاهی اندیشکده حکمرانی دانشگاه صنعتی شریف باشد که در جوار دانشگاه واقع است. انتظار داریم با تاسیس اندیشکده دانشگاه ایرانی شبیه آن در دانشگاه‌های دیگر به وجود اید.
شبکه اینترنتی دانشگاه ایرانی را تاسیس کردیم که مجمومه برنامه‌ها و نشست‌های علمی را بعد از تدوین در آن شبکه منتشر می‌کنیم تا در کنار آثار مکتوب که تیراژ آن به دلیل گرانی کاغذ پایین است، آثار تصویری را به علاقه‌مندان عرضه کنیم.
رئیس پژوهشگاه مطالعات فرهنگی، اجتماعی و تمدنی ادامه داد: دو مجله علمی پژوهشی جدید مجله مطالعات دانشگاه و مجله مطالعات فضای مجازی را هم طراحی کردیم که به‌زودی منتشر می‌شود. فصلنامه علمی تخصصی ارغوان‌نامه را هم تاکنون ۳ شماره منتشر کرده‌ایم. البته جشنواره بین‌المللی فارابی را هم برگزار می‌کنیم که دبیرخانه آن در پژوهشگاه واقع است و برگزاری هر دوره وقت و زمان زیادی از نیروهای اجرایی و اعضای هیات‌علمی پژوهشگاه را به خود اختصاص می‌دهد.
پژوهشگاه مطالعات فرهنگی، اجتماعی و تمدنی سه پژوهشکده به نام های فرهنگ‌پژوهی، علم و فناوری و تمدن‌پژوهی دارد و در هر پژوهشکده ۳ گروه تحقیقاتی تعریف شده است. این گروه‌ها به ترتیب از پژوهشکده فرهنگ‌پژوهی؛ شامل گروه مطالعات فرهنگی، گروه مطالعات زنان، گروه مطالعات اجتماعی در پژوهشکده علم و فناوری گروه مطالعات علوم انسانی اسلامی، گروه مطالعات علم و فناوری، گروه مطالعات ارتباطات و فضای مجازی و در پژوهشکده تمدن‌پژوهی گروه مطالعات آینده نگر، گروه مطالعات حکمرانی آموزش عالی، گروه مطالعات دانشگاه و تمدن نوین اسلامی مشغول فعالیت هستند.