با وجود آنکه اصناف سهم ۶ درصدی از پرداخت مالیات در کشور دارند، اما تقریباً همه ساله سازمان امور مالیاتی تسهیلاتی را برای پرداخت مالیات این قشر در نظر می‌گیرد؛ به طور مثال در سال‌های اخیر سازمان مالیاتی مشوق قابل توجهی را برای پرداخت مالیات صاحبان مشاغل و اصناف در دستور کار قرار داده است که به تبصره ماده ۱۰۰ قانون مالیات‌های مستقیم معروف است.
برای استفاده از این تبصره قانونی، سقف درآمدی به طور سالانه معین می‌شود و افرادی که فروش بالاتر از این سقف داشته باشند امکان استفاده از این مشوق را نخواهند داشت؛ به طور مثال این سقف در سال گذشته ۶ میلیارد و ۷۲۰ میلیون تومان بود؛ در واقع صاحبان مشاغلی که مجموع فروش کالا و ارائه خدمات آنها کمتر از ۶میلیارد و ۷۲۰ میلیون تومان بود می‌توانستند از مزایای این تبصره استفاده کنند.
سازمان امور مالیاتی در سال ۱۴۰۳ با افزایش سه برابری سقف درآمدی صاحبان مشاغل و رساندن آن به ۱۸میلیارد تومان، دایره مشمولان این مشوق را گسترده‌تر کرده است.
سال ۱۴۰۲ در مجموع نزدیک به ۴ میلیون نفر از اصناف از تبصره ماده ۱۰۰ استفاده کردند که انتظار می‌رود با تغییر شرط برخورداری از این امکان قانونی و افزایش سقف آن به ۱۸ میلیارد تومان، این عدد در سال جاری با افزایش قابل‌ملاحظه‌ای همراه شود؛ همچنین در سال گذشته در مجموع بیش از ۲۰ هزار میلیارد تومان مالیات توسط اصناف و با بهره‌گیری از مزایای تبصره ماده ۱۰۰ قانون مالیات‌های مستقیم پرداخت شده است. این رقم در حالی وصول شد که سهم مالیات مشاغل ۶ درصد از کل وصولی و در حدود ۵۱ هزار میلیارد تومان بود.
در میان استان‌های سراسر کشور، استان چهارمحال بختیاری با ۸۴ درصد نسبت تعداد اشخاص حقیقی فعال به تعداد کل مؤدیان و ۵۲ هزار نفر تعداد مؤدیان اشخاص حقیقی فعال، رتبه اول در استفاده از تبصره ماده (۱۰۰) در کل کشور را داراست. در این رده‌بندی استان‌های خراسان جنوبی و یزد به ترتیب با ۸۱ و ۸۰ درصد رتبه‌های بعدی را در میزان استفاده از این تبصره قانونی در اختیار دارند.
تعیین مالیات به صورت مقطوع، عدم نیاز به تسلیم اظهارنامه و عدم تکمیل جداول درآمد و هزینه از مهم‌ترین مزایای استفاده از تبصره ماده ۱۰۰ قانون مالیات‌های مستقیم است.
بر این اساس مالیات مقطوع مؤدی با توجه به اطلاعات موجود در پایگاه‌های اطلاعاتی سازمان امور مالیاتی و سوابق مؤدی تعیین شده و در درگاه خدمات الکترونیکی سازمان امور مالیاتی کشور به نشانی https://my.tax.gov.ir قرار می‌گیرد؛ بنابراین تنها در صورت مراجعه مؤدی به درگاه سازمان امور مالیاتی و مشاهده فرم مقطوع مالیات خود می‌تواند از مزایای تبصره ماده ۱۰۰ استفاده کنند.
در این راستا چنانچه مؤدی پس از مشاهده مالیات مقطوع خود در درگاه سازمان امور مالیاتی آن را قبول نداشته باشد الزاماً می‌بایست حداکثر تا پایان خردادماه اظهارنامه تسلیم کند. در چنین شرایطی اظهارنامه مؤدی مورد رسیدگی قرار گرفته و در صورت عدم ارائه اظهارنامه برای مؤدی مالیات مقطوع تعیین شده قطعی خواهد شد.
عدم نیاز به نگهداری اسناد و مدارک و عدم امکان ورود به پرونده توسط ادارات و رسیدگی توسط مأموران مالیاتی یکی دیگر از مزایای مهم استفاده از این تبصره قانونی به شمار می‌آید. این امر مواجهه و رویارویی با کارشناسان ادارات امور مالیاتی را به حداقل ممکن کاهش داده و مؤدی را از رفت و آمد به ادارات و صرف وقت و هزینه و قرار گرفتن در فرآیندهای طولانی تشخیص و رسیدگی بی نیاز می‌کند.
از دیگر تسهیلات مهم اجرای تبصره ماده ۱۰۰ امکان پرداخت مالیات در اقساط بلندمدت است. چنانچه مؤدی هنگام درخواست پرداخت مالیات به صورت قسطی بابت عملکرد سال‌های قبل، بدهی نداشته باشد می‌تواند مالیات مقطوع یا ابرازی خود را در ۱۰ قسط به صورت مساوی پرداخت کند. در این صورت اگر مؤدی بخواهد بدهی مالیاتی خود را تسویه کند، لازم است ابتدا ترتیب پرداخت بدهی خود را با چک الکترونیک در حداکثر ۶ ماه و در ۷ قسط مساوی مشخص کرده و سپس اصل مالیات خود را در همان ۱۰ قسط پرداخت کند.
در حالت دیگر و در صورتی که مؤدی بابت عملکرد سال‌های قبل، بدهی داشته باشد امکان تقسیط مالیات مقطوع یا ابرازی وی در ۵ قسط مساوی فراهم است؛ همچنین برای نخستین بار در تاریخ سازمان امور مالیاتی کشور افراد می‌توانند مالیات خود را در صورت استفاده از چک الکترونیک، فارغ از اینکه بدهی داشته باشند یا نداشته باشند، در ۱۵ قسط پرداخت نمایند.
این نکته را هم باید ذکر کرد که برای مؤدیانی که از تبصره ماده ۱۰۰ استفاده می‌کنند و در املاک استیجاری فعالیت شغلی دارند، هزینه‌های اجاری در محاسبه مالیات مؤثر خواهد بود.
همان‌طور که پیش‌تر نیز به آن اشاره شد با وجود سهم بسیار پایین اصناف در پرداخت مالیات در مقایسه با دیگر مؤدیان در کشور اما تسهیلات درخور توجهی از جانب نظام مالیاتی برای ایشان فراهم شده است.
اجرای تبصره ماده ۱۰۰ فرصت ارزشمندی است تا اصناف و صاحبان مشاغل با بهره‌گیری از این تبصره قانونی از مزایای قابل توجه آن استفاده مطلوبی به عمل آورند.
تسهیلات سازمان امور مالیاتی برای اصناف به اجرای تبصره ماده ۱۰۰ محدود نشده و افزایش سه برابری میزان معافیت صاحبان مشاغل از ۴۷ میلیون تومان در سال ۱۴۰۲ به ۱۴۴ میلیون تومان در سال ۱۴۰۳ و همچنین مالیات صفر ۵۰ درصد مشاغل در سال ۱۴۰۲ و مالیات زیر ۲۰ میلیون تومان ۴۰ درصد آنها شاهدی بر این ادعاست.